Poco lontano sul Monte Civita vi è una necropoli ad alto valore archeologico risalente al IV-V secolo a.C., con sepolcri incavati nella roccia e cavità quasi certamente destinate ad uso abitativo. Per di più ci sono resti di diverse costruzioni in pietra.
Anche se esistono tracce più antecedenti, come vari utensili lavorati in selce, ritrovati presso il ruscello Romandato ad indicare l'esistenza di comunità primitive nel territorio.

C'è una leggenda tramandata nei secoli, asserisce che Ischitella, Carpino e Cagnano traggono origine dalla mitica città romana di Uria, mortificata da malesseri. Infatti, in base a dei rinvenimenti compiuti in prossimità del Lago di Varano c'è la certezza che tale leggenda può rivelarsi attendibile.

Tralasciando le fonti storiche ancora non garantite, la prima notizia è datata all'anno 970 con la liberazione dai musulmani accampati, da parte dell'Imperatore Ottone I. Nel 1058 si ha la prima prova storica scritta, Ischitella viene nominata su una Bolla Pontificia del Papa Stefano IX ordinando la sua protezione verso l'Abbazia di Calena (Peschici) e la chiesuola di San Pietro in Cuppis (poco distante dal paese).

Su un documento del 1225, durante la dominazione sveva, Ischitella era segnata con il termine di "Castrum", vocabolo latino che corrisponde a "Fortezza" o "Rocca". E difatti, il borgo medioevale era una strategica e invincibile roccaforte con una massiccia cinta proprio grazie alla sua elevazione altimetrica, ad una visuale molto ampia e ad un'eccellente sistemazione geografica.

Il toponimo odierno ha due possibili origini: Ischio (tipo di quercia) e Tellus (Terra), vale a dire "Terra della Quercia". Altrimenti c'è un altro accostamento come Schit (lemma dialettale: solo) e Tellus (terra), in altre parole "Terra Solitaria".

All'epoca del predominio normanno e svevo, il suolo ischitellano fu di proprietà della Contea di Caserta per mutare in seguito come feudo agioino e aragonese da parte dei Gentile (conti di Lesina), dei nobili Isardo, De Cunio, De Capua, Ianvilla, Giovanni D'Angiò (fratello del Re Roberto). Quest'ultimo diede in dono il feudo all'incantevole Agnese di Peregord, dama che ispirò il Boccaccio nell'opera "Il Decamerone". Alla fin fine appartenne ai Durazzo, Bulgarello, Dentice, De Sangro, Turbolo, Pinto.

Nei tempi successivi Ischitella fu provvista di un'Università, una delle più importanti dell'epoca nel Italia del Sud. Il borgo d'Ischitella ha antichissime origini e attraverso i suoi secoli è divenuta sede intellettuale particolarmente importante nel Mezzogiorno, dando i natali a illustri personaggi come Pietro Giannone.